SEPAR es una de las sociedades científicas que apoya y dedica más recursos a la investigación y la innovación. SEPAR tiene entre sus objetivo prioritarios integrar e incrementar la participación de sus socios en proyectos de investigación de alto nivel de calidad. Este objetivo se cumple a través de:

1. Los Programas Integrados de Investigación SEPAR (PII’s) que favorecen la investigación transversal, multicéntrica y multidisciplinaria. Los PII’s son una eficaz herramienta para producir conocimeinto científico sobre un problema de salud relevante, desde la investigación básica hasta la clínica, la gestión y la innovación tecnológica.
2. SEPAR dedica cada año una importante partida de su presupuesto a la convocatoria de Becas SEPAR para financiar el desarrollo de proyectos de investigación o formación tanto a título individual como colectivo.
3. SEPAR y miembros de SEPAR participan de forma activa en proyectos de investigación con otras sociedades y organismos nacionales e internacionales. Colabora también en la promoción de la investigación con becas de intercambio y cooperación con la ERS, ALAT Y SMNyCT.