L1. Básica

L1. Básica

Estudio del microbioma del aparato respiratorio  
Beca SEPAR a proyectos de investigación (PII)  2016 : 18.000 euros

IP : Mª Beatriz Amat. HU del Vinalopó (Alicante) beatrizamat@hotmail.com beatrizgalvezmartinez@gmail.com
IC:

  1. Mª Francisca Colon Valiente. Microbiología. Facultad de Medicina. Universidad de Miguel Hernández (Helche)
  2. María Victoria Moreno Cantó. Universidad de Miguel Hernández (Helche)
  3. Esther Rubio Portillo. Universidad de Alicante.
  4. Josefa Anton Botella. Universidad de Alicante
  5. Beatriz Galvez Martínez. HU del Vinalopó (Alicante)
  6. David Orts Gimenez. Neumología. H General U de Elda
  7. Eleuterio LLorca Martinez. Neumología. H General U de Elda
  8. Concepción Martín Serrano. Neumología. H General U de Alicante
  9. José Franco Serrano. Neumología. H Clínico de Valencia
  10. Consuelo Ferrer Rodríguez. Biología. Facultad de Medicina. Universidad de Miguel Hernández
  11. Marina Torreblanca Calvo. Microbiología. Facultad de Medicina. Universidad de Miguel Hernández
  12. Inmaculada Vidal Catalá. Microbiología. H General U de Alicante
  13. Cleofé Fernández. H General U de Alicante
  14. Violeta Esteban Ronda. Neumología. H Clínico de Valencia.

Producción científica:

  • Comunicación a 13th International Conference on Cryptococcus and Cryptococcosis. Foz d’Iguazu (Brasil). 26-30 marzo, 2017.
  • Comunicación aceptada a 7th Congress of the Federation of European Microbiology Societies (FEMS) titulada Cryptococcus spp. present in the lung core microbiome. Colom MF1; Rubio-Portillo E2; Orts D3; Llorca E3; Revelles E1; and J. Antón2.
  • The lung mycobiome and its relationship with the environmental mycobiota: a pilot study. 18th Congress of the International Society for Human and Animal Mycology (ISHAM2018). Amsterdam 30 June-4 July 2018 (Aceptado)
  • Artículo: Esther Rubio-Portillo; David Orts; Elena Revelles; Carlos Pérez; Eleuterio Llorca; Josefa Antón. María Francisca Colom. The lung mycobiome and its relationship with the environmental mycobiota: a pilot study. (En revision final por autores para someter a Microbiome – BioMed Central Journal).

 

Caracterización molecular del derrame pleural maligno (DPM) por cáncer de pulmón no microcítico (CPNM) mediante nuevas técnicas de biopsia pleural como la criosonda.
BECA PII 2019: 6.000 euros
 

IP: Manuel Núñez Delgado. Hospital Universitario Álvaro Cunqueiro. EOXI. VIGO .manuel.nunez.delgado@sergas.es

INTRODUCCION

En la actualidad es imprescindible establecer el diagnóstico morfológico e inmunohistológico del Derrame Pleural Maligno (DPM) por Carcinoma Pulmonar No Microcítico (CPNM) y determinar el perfil molecular para posibles intervenciones terapéuticas y prolongar el control de la enfermedad. Además en el dPM por CPNM se han descrito un amplio espectro de mutaciones

La toracoscopia médica (TM) es la técnica diagnóstica de elección, pero para mejorar la rentabilidad se han desarrollado avances. La criobiopsia pleural aumenta la rentabilidad diagnóstica, sin embargo, no se dispone de ningún estudio que valide la determinación de biomarcadores moleculares sobre muestras obtenidas mediante criosonda y tampoco existen estudios multicéntricos

OBJETIVOS CONCRETOS:

GENERAL.

  1. Validación de la criobiopsia para la obtención de muestras tisulares de pleura parietal para establecer el diagnóstico molecular del DPM por CPNM.
  2. Caracterización molecular del DPM por CPNM en población caucásica
  3. Estandarización de la criobiopsia pleural como nueva herramienta diagnóstica en los algoritmos de manejo del DPM

ESPECÍFICOS.1) Definir la frecuencia de alteraciones moleculares o mutaciones conductoras en DPM por CPNM enpoblación caucásica.2) Comparar las alteraciones moleculares detectadas en las muestras de criobiopsia pleural con lasdetectadas en el tumor primario o biopsia liquida en caso de disponer de ellos. 3)Identificar los casos donde la criobiopsia debe ser la técnica de elección para la obtención de las biopsias para estudios moleculares estandarizando la técnica.4)Desarrollo de una escala pronóstica en el momento el diagnóstico del DPM combinado la presencia de alteraciones moleculares con parámetros de uso diario en la práctica clínica.5)Analizar la seguridad y viabilidad de la criobiopsia de pleura parietal en la TM

DISEÑO DEL ESTUDIO

Se planteará un estudio prospectivo de pruebas diagnósticas en una cohorte hospitalaria que incluirá al menos2centros: Hospital Álvaro Cunqueiro, EOXI Vigo (centro coordinador) y Hospital Universitario y Politécnico La Fede Valencia. Podrán sumarse cualquier otro hospital del país que realice las técnicas a analizar.

Se incluirán pacientes consecutivos a los que se les vaya a realizar una TM para diagnóstico de DPM y/o pleurodesis.

Criterios de inclusión:a) Edad > de 18 años. b) Paciente con DPM confirmado cito-histológicamente por CPNM. c) Firma de consentimiento informado.

Criterios de exclusión:a) Embarazo. b) Cualquier situación que suponga una contraindicación para la realización de la biopsia parietal segúnlas guías de práctica clínica.c) Paciente con DP benigno.d) Paciente con DP paramaligno sin evidencia de células malignas en cavidad pleurale) Ausencia de consentimiento informado

PROCEDIMENTO DE TORACOSCOPIA MÉDICA Y OBTENCIÓN DE CRIOBIOPSIAS DE PLEURA

Todos los procedimientos se realizarán según las recomendaciones de las guías de práctica clínica.

En primer lugar se realizarán biopsias pleurales con la pinza convencional, 6 biopsias en el caso de usar la pinza flexible y 4 biopsias en el caso de la pinza rígida, y que se remitirán al servicio de Anatomía Patológica de forma habitual como en la práctica clínica (para diagnóstico morfológico, inmunohistoquímico y molecular siguiendo los protocolos de cada uno de los centros e independientemente de la inclusión del paciente en el estudio). Posteriormente se realizarán 4 biopsias usando la criosonda flexible.

ANÁLISIS CUANTITATIVO, CUALITATIVO E HISTOLÓGICO DE LAS CRIOBIOPSIAS

Las muestras obtenidas con pinza convencional se procesarán siguiendo los protocolos de cada centro para estudio morfológico, inmunohistoquímico y molecular.

Las muestras obtenidas con criosonda se procesarán en los servicios de AP de cada centro para análisis molecular usando las técnicas habituales (PCR, FIS e IMQ) analizando los genes  hoy en día vigentes en la práctica clínica: EGFR, ALK y ROS 1.

Las otras 2 muestras de criobiopsia parafinadas serán remitidas al Laboratorio de Filogenómica, en el Centro de Investigación Biomédica de la Universidad de Vigo (Cinbio). Para el análisis molecular mediante secuenciación masiva de nueva generación (NGS) se utilizará un panel comercializado y validado en otros estudios de CPNM que incluirá 45 genes (segundo subestudio pendiente de financiación)

ANÁLISIS ESTADÍSTICO

Se realizarán análisis descriptivos y analíticos de los datos de estudio. Se establecerán los porcentajes de aparición de cada una de las mutaciones en las muestras de estudio y así poder establecer una caracterización molecular del DPM en CPNM. Se estimará para ambos métodos de recogida de muestra (criobiopsia y biopsia convencional)  la capacidad para secuenciar los diferentes marcadores de práctica clínica habitual (EGFR, ALK, ROS1)  como la concordancia entre los hallazgos de todos los genes por cada uno de los dos métodos.

Tamaño muestral: En base a los datos de DPM por CPNM en los posibles centros participantes en el estudio se estima conseguir una muestra total de sujetos que cumplan con los criterios de estudio de unos 80 pacientes.

CONSENTIMIENTO INFORMADO  Y ASPECTOS ÉTICOS.Todos los pacientes firmarán un documento de consentimiento informado específicamente elaborado de acuerdo con los protocolos del Comité de Ética de la Investigación (CEI) de Galicia. Además, cada uno de los centros participantes solicitará el informe correspondiente al CEI y la aprobación por parte del centro para la realización del proyecto de investigación (ya solicitado en el centro coordinador).

La gestión de los datos y manejo de muestras biológicas cumplirán en todo momento la normativa y leyes vigentes

CALENDARIO DE TRABAJO

1. INCLUSIÓN DE PACIENTES (1-33 meses)

2.TORACOSCOPIA Y OBTENCIÓN DE MUESTRAS CON CRIOSONDA (1-33 meses)

3.ANÁLISIS CUANTITATIVO, CUALITATIVO, HISTOLÓGICO Y MOLECULAR DE LAS CRIOBIOPSIAS:(1-33 meses)

4. REUNIONES DE TRABAJO (1-36 meses): Cada trimestre todos los miembros del equipo se reuniránmediante videoconferencia,

5. ANÁLISIS DE DATOS (18-36 meses)

6. DIFUSIÓN DE RESULTADOS (19-36 meses)